(三)若想育成不同臺南 11 號抽穗期的近同源系，請說明那個日本品種最 適當，原因為何？並敘述分子標誌選育的過程。（15 分）

​一、 最適當之日本品種選擇及其原因

​最適當之日本品種為：良稔

• ​選用原因：
  1. ​關鍵基因導入之目標顯著性： 臺南11號與良稔在最關鍵的促進抽穗主效基因  EHD1  上存在顯著差異（臺南11號為 II 型，良稔為 I 型）。導入良稔的 EHD1-I 型能顯著縮短營養生長期，達成改變抽穗期之育種目標。
  2. ​非目標基因體背景與基因型干擾之最小化： 對比其餘日本品種，良稔在 DTH8 位點為 I 型，與臺南11號（DTH8-I）完全相同。這意味著以良稔作為供體，可以減少一個變異基因（DTH8）的干擾，使導入 EHD1-I（及 HD1-VI）後的基因效應最為單純，利於精準控制近同源系的遺傳背景與抽穗期微調。
  3. ​千代錦與日本晴之不適用性： 千代錦一期作抽穗期長達 87 天，無法提供極早熟之基因型；日本晴雖然在一期作表現早熟，但其 HD1 基因型為 I 型，相較於良稔的 VI 型，在基因型轉育時的分離組合較為複雜。

​二、 分子標誌輔助選育近同源系（NILs）之具體過程

​育種目標係以「臺南11號」為反覆親本（Recurrent parent, RP），「良稔」為供體親本（Donor parent, DP），利用分子標誌進行前景選拔（Foreground selection）與背景選拔（Background selection），將目標基因（EHD1-I）導入並最大化恢復臺南11號之基因體背景。

​1. 雜交與 F₁ 培育

以臺南11號（受體）與良稔（供體）進行雜交獲得 F_1 代（基因型於 EHD1 位點為 I/II 雜合型）。

​2. 前景選拔（Foreground Selection）與連續回交（Backcrossing, BC₁–BC₄）

• ​回交操作：以 F_1 與反覆親本「臺南11號」進行第一次回交，獲得 BC_1F_1 世代；後續世代持續以臺南11號進行連續回交至 BC_4。
• ​前景分子選拔：利用針對 EHD1 基因設計之基因內標記（In-gene marker）或緊密連鎖之分子標記，對每代回交後代進行 PCR 檢測。僅挑選含有良稔 EHD1-I 基因型之雜合個體（I/II）進行下一代回交，淘汰不含目標基因之個體。

​3. 背景選拔（Background Selection）

在各回交世代（特別是 BC_2 至 BC_4），利用覆蓋水稻全基因體高密度之 SNP 晶片或 SSR 分子標誌，對通過前景選拔之個體進行全基因體背景掃描。優先挑選「臺南11號背景恢復率最高」（即非目標染色體區域與臺南11號相同率最高）的個體進行回交，以極速恢復反覆親本的遺傳背景（通常 BC_4 世代背景恢復率可達 98% 以上）。

​4. 自交與純化（Selfing & Homozygous Selection）

將選出之高背景恢復率 BC_4F_1 個體進行自交獲得 BC_4F_2 族群。在 BC_4F_2 世代利用分子標誌進行篩選，挑選出  EHD1 位點已成功固定為良稔型純合體（I/I），且其餘全基因體背景與臺南11號高度一致的個體。

​5. 表型鑑定與近同源系（NIL-EHD1-I）確立

將純合之 BC_4F_3 株系於一期作與二期作進行田間栽培，確認其遺傳背景與臺南11號極度相似（保有臺南11號優良農藝性狀與米質），但抽穗期顯著較臺南11號提前（具備良稔之早熟特性），即成功育成不同抽穗期之臺南11號近同源系。